Налоговый аудит при закрытии СПД

Привет, ДОУ
Извиняюсь, если тема уже поднималась. Буду благодарен за ссылки.
Есть гипотетическая ситуация закрытия СПД (ВЭД, ЕН), в котором все бумаги в порядке, но на этапе аудита в налоговой до окончательного результата, оттуда поступают разные бредовые предположения, типа «ВЭД нельзя на ЕН», «в книге учёта не заполнена графа расходы -> нельзя было без кассового аппарата -> штраф две выручки» и прочие, не обоснованные действующими законами, но грозящие внушительными штрафами.
Причина такого поведения предельно ясна, конечно, но всё же вопрос: не сталкивался ли кто-то с ситуацией аналогичной даной гипотетической, и что рационально в таком случае делать? Спасибо

P.S. вариант «договариваться с аудитором», конечно очевидный, но хотелось бы к этому возвращаться в последнюю очередь, т.к. формально проблем быть не должно же.