Даже если вы не используете транзакции и внешние ключи — все равно ваш выбор InnoDB (XtraDB). Возьмите Percona Server (улучшенная версия MySQL), который из коробки вам даст отличную систему бекапов — XtraBackup. Для начальной настройки вам хватит и онлайн визарда — tools.percona.com/wizard .