Нынче только doxygen.

я бачу 2 мінуси :
— платний: навряд чи заапрувлять бюджет
— онлайн: нажаль ми повинні використовувати тіки тулзи встановлені всередині компанії

У нас в конфлюенсі є також Gliffy діаграми — але в останній версії, коли багато елементів — то висне (