Все нормально создает, может пора RTFM ?Если кого-то радует ручное написание gradle-скриптов — вперёд. Как гласит вышеупомянутый мануал — автоматическое генерирование билд-скриптов under development.
Да неужели, с отсутствием поддержки NDK, вменяемого процесса создания gradle проекта с VCS исходников, «убогого» процесса конфигурирования тестов Studio пока не претендует на стандарт.
Сложного ничего. С таким подходом можно собирать билд из консоли и коммитить через bash. Вопрос, а зачем тогда нужна IDE? Тот же самый пресловутый Eclipse решает вышеупомянутые проблемы гораздо проще с точки зрения пользователя, несмотря на то, что не имеет всех плюшек IDEA платформы.