Я знайшов помилку. Неправильно вибраний тип обліку на другій вкладці фактури. Схоже wFirma змінили UI і це трохи плутає. Через це платіж не потрапляв до евіденції приходів. Саме звідти беруться дані для розрахунку PIT на ричалті

Так, останній день червня.

Продаж послуги і формування фактури червень. А от оплата прийшла в липні. PIT генерується за червень

Я на ryczałt. Гроші заходять наступного місяця після фактури. При розрахунку PIT wFirma не враховує цей платіж і показує суму податку до сплати 0.00. Платіж прив’язаний до фактури, вона повністю закрита