Спасибо за объяснение, но я знаю, что это такое :)

На данный момент webpack.HotModuleReplacementPlugin() из коробки работает только для CSS.

Для компонентов — нужно в index.js добавить несколько строк:

//  App - root component
const render = (Root) => {
  ReactDOM.render(
    (
      <Provider store={store}>
        <Root />
      </Provider>
    ),
    document.getElementById('root')
  );
}

render(App);

if (module.hot) {
  module.hot.accept('./App', () => {
    var NextApp = require('./App').default;
    render(NextApp);
  });
}

— state компонента не сохраняется
— Redux / Mobx / whatever state managers сохраняют свой стейт

Зачем тогда агитировать за CRA, если вы нарушаете принципы?

Я бы не называл это нарушением принципов. Это workaround для конкретного и очень редкого случая,
не делая eject и не жертвуя всеми будущими фичами CRA.

но если уперлись во что-то что нельзя, а вам очень хочется — слезайте

Да, но перед этим несколько раз подумайте, чем и ради чего вы жертвуете. Особенно если у вас далеко не один проект.
Я уверен что все бизнес задачи можно решить используя то, что предоставляет CRA.
А если это просто «хотелки» — то это уже другой разговор.

Если слезть с CRA на свой конфиг, то в качестве бонуса вы начнете понимать как работает webpack

Вы не сможете использовать hot module reloading

да, моей же статьи с medium)

да, но уже давно есть PR github.com/…​reate-react-app/pull/1292 и теоретически он попадет в релиз 0.10.0