Так, не є роялті, але може бути постачанням програмної продукції, платіж за яку не підлягає оподаткуванню ПДВ. Виходячи із того, що платіж у валюті, то договір у вас зовнішньоекономічний. Якщо подивитсь Конвенцію про уникнення подвійного оподаткування з тією країною, з якої ваш контрагент, то ви побачите, що визначення роялті відрізняється і ваш платіж все одно може підпадати під поняття роялті на підставі міжнародного договору (Див. Закон України «Про міжнародні договори України», ЗУ «Про міжнародне приватне право»). Будьте уважні.
До речі, якщо ви не є платником ПДВ, то цей платіж теж не підлягає нарахуванню ПДВ.

По валютному контролю. Банк закриває (знімає з контролю) операцію на підставі відповідних документів. Згідно п.3.3 інструкції «пред’явлення резидентом акта, рахунку (інвойсу) або іншого документа, який згідно з умовами договору засвідчує виконання нерезидентом робіт, надання послуг, передавання прав інтелектуальної власності та інших немайнових прав, призначених для продажу (оплатної передачі), — в інших випадках.» Це відповідає положенням Закону «Про порядок здійснення розрахунків в іноземній валюті». Також подивіться Декрет КМУ «Про систему валютного регулювання і валютного контролю».

Зверніть увагу, що послаблення були внесені іншим законом «Про внесення змін до деяких законів України щодо усунення адміністративних бар’єрів для експорту» послугhttp://zakon2.rada.gov.ua/laws/show/1724-19
Не зважайте на назву, більшість змін (електронна форма договору, визначення первинного документа) цілком застосовується і до імпортних операцій.

Щодо

Якщо коротко то там мова про первинні документи для визнання операції купівлі, оренди, придбання послуг у нерезидента правдою.

, то тут діє презумпція правочину і лише в конкретних випадках потрібно йти до суду або щось доказувати. Як правило, завжди мова йде про неналежно оформлені документи, а не про сумніви.

Не зовсім зрозуміло звідки ПДВ і чому податкова буде посилатись на рішення НБУ, але вирішити проблему не складно. Договір юрдичною особою укладається так само, шляхом прийняття умов публічного договору. Оплату здійснюєте на підставі інвойсу, він же і є тепер первинним документом (головне щоб в ньому були вказані:
назва документа — інвойс чи рахунок;
дата складання — стандартно для інвойсів
назва підприємства, від імені якого складено документ — це буде найменування вашого контрагента;
зміст та обсяг господарської операції, одиницю виміру господарської операції — тобто, послуга чи ліцензія на програму;
посади осіб, відповідальних за здійснення господарської операції і правильність її оформлення — має бути зазначено, хто склав цей інвойс та посада цієї особи;
особистий підпис або інші дані, що дають змогу ідентифікувати особу, яка брала участь у здійсненні господарської операції.

Якщо отримати з такими даними інвойс проблематично, то робите акт в односторонньому порядку з тими самими реквізитами, який підписує директор. На підстві цього акту бухгалтер проводить платіж.

Якщо банк вимагає підставу для проведення платежу висилаєте йому копію публічної оферти (зручно зберегти в ПДФ).

Варіанти є в будь-яких випадках, але це потенційні ризики і додаткові витрати (грошей, часу). Це зовсім не те саме, що і зарплата.

В Кореї це не допомогло. В Пн. Кореї свято впевнені, що в Пд. Кореї всі голодують і їх там силою тримають вояки США. Але в той же час спокійнісінько збирають південнокорейські товари в Кесоні.

Нічого складного.
Вони вам видають цифровий підпис, очевидно, вони зобов’язані переконатися в тому, що ви той за кого себе видаєте.
Якби ви робили ЕЦП в нашій податковій, то вам би його взагалі не видали без особистого візиту.
А тут вам по Інтернету і навіть не треба нікуди їхати або літати.
Інша справа, що все це робить людина і процес займає багато часу.
Що вам потрібно підтвердити:
— Що ви є той, хто ви є. Копія документів підійде. Якщо ви зареєстровані в ЕДРПОУ як ФОП, дайте їм туди лінк і свій ІПН. Також, бажано, щоб в ЄДРПОУ був вказаний ваш телефон (той що ви вказували при подачі документів) і та ж адреса.
— Далі можете їм показати банківські виписки, чеки (платіжки) за вказаною адресою тощо.
— Спілкуйтейсь з ними, задавайте питання, вони готові вам допомогти пройти перевірку.

Вони перевіряють правдивість наданої інформації, не більше. Такі самі документи (платежі за ком послуги) може надати і ТОВ для підтвердження місця своєї діяльності.

У Thawte все по електронці, нічого завіряти не потрібно (але вони англомовні, тому перекласти треба). Також можете почитати Guidelines: cabforum.org/...​g-certificate-guidelines
Тоді стане ясно що вони вимагають і навіщо.

Ви не «включаєте» в процес третю сторону. Для України буде лише ваш агрегатор, з якого поступають гроші, і ви. Оскільки агрегатор перераховує вам гроші, а не віртуальну валюту, а також робить це за надані вами «послуги», то жодних порушень законодавства тут не має.