Да будет СРАЧ!!!
Как и у любого аспекта серебрянной пулет здесь нет. С моей точки зрения Идея более удобная и более взрослая как IDE, у неё больше разных плюшек. Хотя я работаю в этой среде, соотвественно с её плюшками знаком лучше чем с эклипсовскими. Но и платить за плюшки приходится, Идея любит пожрать. Ещё из её недостатков: платная и у западных заказчиков чаще Eclipse. Так что если планируете работать на Java на западного заказкика и не хотите перенастравать прект под себя (в том случае, если заказчик не познал maven), то лучше учите эклипс.